Официальным днем рождения гражданского воздушного флота России считается 9 февраля 1923 года, когда Совет Труда и Обороны принял постановление "Oб организации Совета по гражданской авиации" и "О возложении технического надзора за воздушными линиями на Главное управление воздушного флота".

В 20-е годы, после окончания первой мировой войны, авиация в европейских странах все больше использовалась в мирных целях - для перевозки пассажиров, почты и грузов. Не отставала от своих соседей и Россия. Особое внимание уделялось связям с зарубежными странами. Гражданские полеты за границу выполнялись в основном на переоборудованных военных самолетах.

1 мая 1922 года открылись полеты по первой международной авиалинии Москва-Кенигсберг (в то время территория Германии). Позже эту авиалинию продлили до Берлина.

15 июля 1923 года открылась первая регулярная внутренняя линия Москва-Нижний Новгород.

В 30-е годы авиастроение страны представляло собой уже большой и сложный комплекс производственных предприятий, конструкторских бюро, научно-исследовательских институтов и т.д. А самолеты конструкции А.Н. Туполева, С.В. Илюшина, О.К. Антонова составили эпоху в мировом самолетостроении. Пилоты, и в первую очередь международники, успешно осваивали новый авиационный парк.

25 февраля 1932 года было образовано Главное управление Гражданского воздушного флота (ГУ ГВФ) и учреждено официальное сокращенное наименование гражданской авиации страны - АЭРОФЛОТ.

В предвоенные тридцатые годы международные линии Аэрофлота заняли одно из важных мест в экономике страны.

Во время Великой Отечественной войны летчики Аэрофлота защищали Отчизну, проявляя большой профессионализм и мужество. Они выполняли особо важные полеты к линии фронта, в тыл врага, за границу и на территории страны. В эти тяжелые годы не прекращались регулярные полеты на международных воздушных линиях.

После войны международное воздушное сообщение стало активно возобновляться и расширяться. Появились новые более совершенные самолеты Ил-12 и Ил-14 конструкции С.Илюшина.

Выход в 1956 году на внутренние и международные линии Аэрофлота первого в мире реактивного самолета Ту-104 конструкции Туполева расценивался как выдающееся событие мирового значения.

В 1957 году совершил первый полет турбовинтовой лайнер Ил-18, созданный в ОКБ им. С.Илюшина.

В августе 1959 года в Москве открылся аэропорт Шереметьево, главным назначением которого стало обслуживание международных полетов.

В конце 50-х годов прошел испытания и начал регуляные полеты на линиях Аэрофлота самый большой по тем временам самолет Ту-114, отличавшийся более экономичными турбовинтовыми двигателями. Позже его заменил на дальних трассах новый отечественный самолет Ил-62.

В январе 1971 года на базе Транспортного управления международных воздушных линий было организовано Центральное управление международных воздушных сообщений Аэрофлота (ЦУМВС), которое стало единственным в отрасли предприятием, выполнявшим международные рейсы под названием "Аэрофлот - советские авиалинии".

В 1978 году в первый рейс за границу отправился грузовой самолет Ил-76, который по настоящее время исправно доставляет по всему миру грузы заказчикам.

В 1980 году Аэрофлот был назначен генеральным перевозчиком участников XXII Олимпийских игр, проходивших в Москве. Для того, чтобы принять спортсменов и гостей столицы со всего мира, специально был построен новый международный терминал аэропорта Шереметьево-2, способный одновременно обслужить 31 самолет любого типа. 6 мая состоялось его официальное открытие.

В 1991 году, после распада Советского Союза, в бывших союзных республиках и регионах России были созданы собственные авиакомпании. Наша компания стала правопреемником наименования "Аэрофлот" и торговой марки международного перевозчика бывшего СССР. В июне того же года было создано Производственно-коммерческое объединение "Аэрофлот - советские авиалинии", которое с 28 июля 1992 года преобразовано в открытое акционерное общество "Аэрофлот - российские международные авиалинии". Тогда же авиакомпания начала эксплуатировать зарубежную технику. Первыми машинами иностранного производства стали взятые в лизинг А310-300 консорциума "Эрбас Индастри". Через два года появились Боинги 767-300ER, отвечающие самым жестким требованиям по экологии и шумам.

В 1994 году в авиакомпанию поступили новые отечественные пассажирские самолеты третьего поколения Ил-96-300 для межконтинентальных рейсов, полностью отвечающие стандартам ИКАО по шумам. В конце 1995 года Аэрофлот взял в лизинг грузовой самолет ДС-10-30Ф для эксплуатации на маршрутах большой протяженности.

В 2000 «Аэрофлот» пригласил группу британских консультантов с целью произвести «ребрендинг» — смену имиджа. Работа над этим продолжалась довольно долго. Наконец, в 2003 «Аэрофлот» представил новый вариант раскраски своих самолётов и униформы для экипажа. Была запущена крупная рекламная акция. Отдельного упоминания заслуживает символика «Аэрофлота». Крылатый серп и молот, бывший неотъемлемым символом авиакомпании с момента её основания, не устраивал команду, занимавшуюся ребрендингом. Более того, неофициально считалось, что клиентам из Западных стран будет «неуютно» пользоваться авиакомпанией, чья символика напоминает им о Советской эпохе. Но опыт показал, что серп и молот является самым узнаваемым символом компании, и его было решено оставить. А на пассажирообороте это никак не отразилось.

«Аэрофлот» провёл также модернизацию своего флота западного производства. Было приобретено 18 самолётов серии А320 для выполнения рейсов по Европе и 11 Боингов 767 для дальнемагистральных рейсов. К 2004 общий размер флота авиакомпании превысил 100 самолётов.

Добившись стабильности на рынке зарубежных перевозок, весной 2004 «Аэрофлот» приступил к активной экспансии на рынок внутренних авиалиний, где лидерство удерживает авиакомпания «Сибирь» (S7). В планы «Аэрофлота» входит подчинить себе 30 % рынка к 2010. В 2006 это значение равно 9 %. Одним из первых шагов на этом пути стала покупка авиакомпании «Архангельские воздушные линии» и превращение её в дочернее предприятие «Аэрофлот-Норд». В ноябре 2006 стало известно о планах «Аэрофлота» поглотить дальневосточные авиакомпании «Дальавиа» и «Сахалинские авиатрассы».

14 апреля 2006 «Аэрофлот» вступил в альянс SkyTeam. Авиакомпания готовит к запуску собственный терминал в своём базовом аэропорту Шереметьево, что устранит проблему неудобного трансфера пассажиров между 1-м и 2-м терминалами.

14 сентября 2008 в связи с катастрофой Рейса 821 в Перми «Аэрофлот» заявил о немедленном прекращении сотрудничества с компанией «Аэрофлот-Норд» в части предоставления своего флага для полетов.

24 июля 2009 «Аэрофлот» подписал спонсорский контракт с футбольным клубом ЦСКА.